重なって隠れているのは、ギルド加入申請を承認・拒否する際に必要なウインドウを開くためのアイコンで、非常に重要ですよね。
いつからか、加入申請時に画面下部の吹き出しメッセージで○をクリックするだけでは承認できなくなっていました。

いったん気付けば以後対処できるでしょうが、私は新しい隠月職業のキャラクターが加入申請した際、受付はできているみたいなのにどうあがいてもギルド加入承認が成功できず困りました。
隠月が大分レベルあがってから試しても同様だったのでおかしいと思い、やっと隠れたアイコンを発見した次第です。

隠れ具合がまた巧妙というか、まるでそういうデザインかのように2つのアイコンがセットになってしまっているので気付きにくい。しかも普段はこの数ピクセルほどをマウスオーバーしてもマウスのアイコンがちらっと出るだけで代替文字表記が出ないので、いざというときにこの数ピクセルが探索範囲に含まれなくなる、と感じます。

話がそれましたが、非常にクリックしづらいです。

銀の笛さん補足説明ありがとうございます。
スクショをが表示されている前提の説明だったので、よくわからないことになっていました。

同じ不具合が起きています。
カタカナ全角6文字のギルドですが、ギルド加入申請者閲覧ウィンドウのアイコンが、管理ウィンドウと重なっています。
ギルド名が全角5文字分までのギルドだとギルド加入申請者閲覧ウィンドウのアイコンが表示されているのを確認しました。
隠月キャラを自ギルドに入れられなくて、救済的に連合内の別ギルドに入れていただいてわかりました。今回のアプデで重なってしまったようです。
確認よろしくお願いします。

なるほど！全ギルドでそうなっているのではないのですね……。
うちは「オーケストラ」確かにカタカナ6文字で、不具合発生しています。

情報をもとに、かりんサーバーで12時フラッグレースのときに他のギルドの副マスター以上の方3名に状況を訊いてみました。ギルド名の長さとの関係は以下の通りで、彼らのギルドには不具合未発生でした。

　半角英字4＋全角ひらがな3、全角換算で5文字のギルド　⇒　正常に2つ並んでいる
　半角英字7、全角換算3.5文字のギルド　⇒　正常に2つ並んでいる
　全角漢字4文字のギルド　⇒　正常に2つ並んでいる

正常なその方たちの場合、重ならずに [ギルド名][歯車][N] という風に管理ウインドウが並んでいるらしいです。
不具合が発生しているとこの[N]は重なってしまっていて読み取れません。

iyure さんの情報が大変大きいですね。恐らく他に「この不具合が発生した」を押された方も近い条件を満たしているのではないでしょうか。

不具合が発生していた一人ですが、今回のアップデート後、告知にはなかったもののギルドウインドウをふと見ると、[ギルド名][歯車][N]というように管理用アイコンがきちんと横に並んで表示されるように修正されていました。

前述のように「ver3.31アップデートについて」告知には書かれてありませんでしたが、他の方も直っているようでしたら、修正完了しているのではないでしょうか。