同様の不具合と思われるものを確認していますので報告します。(厳密にはペットのスキル[万病薬自動使用]が外れるのではなく、装備欄のペットタブに設定した万病薬が勝手に外れている)
使用キャラクターはデーモンスレイヤーで、軍団長ペット3種を同時に出しています。
各ペットには自動バフスキルを設定し、1匹には「HP薬充填」「移動半径拡大」「自動拾い」「特定アイテム回避」「万病薬自動使用」「ペット訓練スキル」を追加しています。
万病薬が外れる条件は自身が把握してる限りMAP移動・ｃｈ移動ではありますが100%ではありません。
ゲームを遊んでいる時、いつの間にか設定が外れています。
この不具合はUIが現在の形になったver3.24へのアップデートから発生しています。

黒ゐつさんのコメントの通りセットした万病薬が勝手に外れるです

同じく同様の現象を報告します。
装備欄のペットタブに設定した万病薬が勝手に外れるタイミングとして、
フライライディングで飛んだ際に、どうも外れてしまうようです。
装備欄を開いた状態で飛行する限り、100%の確率で外れました。

・ｷｬﾗｸﾀｰ変更後に戻ると外れている。
・死ぬと外れている。

ワイルドハンターは騎乗状態だと100％で万病薬が外れます