当方も稀に同じ症状が発生します。
条件は不明ですが、以前動画を撮影したのでURLを添付します。
一般フィールドや塔のボスコンテンツ等でも発生しますので、場所は関係ないと思われます。
https://www.youtube.com/watch?v=WJd0WohXj1I
https://www.youtube.com/watch?v=2Dyb12SAbtU

私も発生します。
魂の武器（私の場合「武公の絶対攻撃」）を使った30分後～数時間後によく起こる気がします。
（Halocaridina様も武公パンダの魂を使用しているようですね。）

また、バグ発生中にベンジェンスオブエンジェル状態でモンスターにテレポートアタックを何度か食らわせると、ベンジェンスを解除するまではダメージが通るようになりました。解除してもう1度使うと再びバグ発生。

すでに同様の報告をさせていただきましたが、送信、GMが確認し公開までの時間差により
重複した報告になるとおもわれますが、此方にも参考までに記載させていただきます。
同様のバグが発生しました。
http://www.youtube.com/watch?v=AckgVsOzNDY
私も武功パンダの魂をつけているので、もしかしたら、そのスキルとの組み合わせの問題なのかもしれません。

今朝、この報告に気付かずに同様の報告をしてしまいました。
職業ビショップのスキルに関する最近の報告は全部見ているつもりで、確認を怠り申し訳ありません。

私は昨日まで症状が発生していませんでした。ボスには定期的に毎日行っており、戦力的にはソロで挑んでいるので当然ベンジェンスオブエンジェルを使用してエンジェルレイを撃っています。

補足コメントの方々と状況が違うのは、武器に魂の書は成功させてあるけれど魂の玉はまだつけていない点です。(魂の書を成功させたのは1か月ほど前のことです。)

また普段プレイとは別のパソコンで再現テストをしたところ、ログインして速攻ベンジェンスオブエンジェル×エンジェルレイを試行した(一般フィールドの一般モンスターに対して)だけで、2回中2回発生しました。

まだなおらないの。。。
聖魔使うの嫌になる

常にではありませんが、まだこの現象が起こることがしばしばあります。
「ベンジェンスオブエンジェル」を発動中でもダメージが通ったり、通らなかったりと不安定です。
此方のPCなどのせいもあり得ますが、再度確認していただけますか？
そして、この不具合が対応完了になるのはいつになるのでしょうか？・・・

キャノンですが、同じ様なバグが度々発生します。
同じくハイパースキル（バックショット）使用時にダメージが反映されず
モンスターを倒せなくなります。一般モンスターとボス、場所も関係無し。
武公パンダ使用後数分後だと思います。
ハイパースキルを切るとダメージが通ります。
ただし、設置スキルのみバグ発生中でもダメージが通ります。

一度バグが発生するとPC再起動しても、ログアウト後
しばらく放置してもハイパースキルを使用するとバグ発生。

3月26日23時40分頃には、ヴェラッド戦中、この症状が発生しました。ボス、一般フィールド関わらず発生します。
繰り返しになりますが、自分の画面で見るとダメージ表記はありますが相手のHPゲージは微動だにしません。同マップにいる別の人の画面から見ると画面にはダメージ表記がなく、攻撃モーションは見えるもののエンジェルレイの矢が飛んでいない、という2つの特徴があります。

当方、毎日塔やマグナス等のボス討伐を行っておりますが、
皆様のような症状が発生したことはありません。
通常フィールドでの狩りでも、同様に発生したことはありません。

武功パンダの魂ではなく、ノウ姫の魂を使用しているからかもしれません。
参考までに、情報共有させていただきます。

対ヴェラッドの左右の肩と頭でベンジェンス＋エンジェルレイでダメージが通らない症状が発生しました．魂の書・スキルが関係しているかもとの報告がありますが，自分の場合は魂の書をつけていない状態でも不具合が発生しました． （ver3.46）