まず、シードの塔は50回降りてドロシーに会う話だけど
正直言うとそれまでの階層のMAPの規模が大小様々な上に
休憩階層の背景に映る背景は変わらない　流石に深さによる生物相の違いがないのはおかしいです。
そこで推測してみた事ですが本当は50層を1段ずつに降りて行ってるのではなく
塔の内部は幾つかの地域ごとに層で区切り分けされているのでは？と考えてみました。
そうしないと明らかに気候などの違いで内部の生物層に悪影響が生じたり最悪、絶滅してしまった等
でアリーシャが隔離した意味が無いからです。

似た様に暗黒さんは鏡の世界を生み出し　果てにはアーケインリバーと言う別次元をも生み出してる
のでアリーシャも似通った事が出来る可能性が高い
超越者達の設定では他の超越者の力を副作用が生じるけど一応は使う事は出来ると書かれてた記憶がね。


なんで、外部の者は各階層の様々な地域に行ったり来たりしている感じです。
他、アリーシャは塔を生み出した当時は知的な生命体を避けて生物を選別してた様ですが
それにも関わらずに偶に普通に人のNPCがいるのも
それはドロシーが誰でも最下層に来られる事を阻む為に新たに生み出した存在か？　
守護者以外に地域を管理する存在が必要となり生み出したと考えれば・・・。
フレタが特にゴールに到達しないと先に進めないとか　48層の見えない足場の位置を把握している事
変更前の話でカンニングクイズを間違え続けたら先に進む権限を剥奪出来たのが根拠です。

ほんで、ドロシーが言う事聞かなくなった本当の理由は塔の外の世界を知ってしまったのが原因なのでは？と推測。
理由は音楽クイズやシルエットクイズにて塔が作られた時代に存在しない地域の物がある為
ゼロのストーリー進めてる途中で神官の誰かがエーデルシュタインと言う地域を知らない等
当時存在していなかった事が分かる部分がある為です。

そしてシードの塔を露わにした理由は塔の管理が退屈で外の人に来てもらう為
シードリングや特殊装備を餌におびき寄せる為と考えれば・・・。


他、思念体は馬鹿なアリーシャと言ってるけど確かに当時の時代に居た生物の内　
エリン森の原始イノシシとか苔キノコとかいないし水中の生物層に関しては全くいない？等
不足し過ぎですね。
思念体は結局の処は思念でしかないからドロシーを懲らしめても塔の権利を取り戻せなかったと・・・。
正直、いうと思念体もドロシーが干渉してくる層でドロシーに何も言わない事から裏では繋がってるんじゃないかなと？

最後にシードの塔が創造された時代は８００年前の様です。←これの情報は本当くさい
その為　暗黒さんが封印された時代は８００年前の話の様です。