わかりにくかったので、要約すると…
「アーチャーマスタリー」矢が無くてもスキルを使用できる。→　矢なしでもOK
「ソウルアロー：弓」矢を消費せずに攻撃できる　→　矢を消費しない（矢を持っている場合）

攻撃力付きの矢を所持していたとしても、ソウルアローを発動すると本来矢についている攻撃力の効果が打ち消されるのは、このゲームがサービス開始されて間もない頃からの仕様です。
そもそも、スキルを発動することによって一定時間の間特殊な矢を使う代わりに消費欄にある矢を消費しないという効果なので、所持している矢の攻撃力がステータスに反映されないのは当然だと思いますよ。

あくまで個人的な見解ですが、アーチャーマスタリーは1次～2次(ソウルアロー習得前まで)の矢の大量所持による消費欄の圧迫回避と、対ボス戦等でスキルカットが来た時に、矢を所持していなくてもすぐに反撃できるように(大抵の弓使いは矢を所持していない→従来はソウルアローを発動してからでないと戦えなかった)という救済措置的なものだと思います。
それに対してソウルアローは、攻撃力30(マスターレベル20まで振ってある場合)の特殊な矢を一定時間内無制限に使える、そういうスキルだと思います。

特に何もおかしいところはないと思いますよ。

ソウルアローのスキル説明には
　一定時間物理攻撃力が増加し、矢を消費せずに攻撃できる
とあるので、一定時間特殊な矢を使用すると言うのは違うと思うのですが…
ただ、発射される矢のエフェクトは黄色に変化するためその可能性もあります。
元々ソウルアローは、BB以前に存在したボウマスターの
4次スキル明鏡止水が三次に降格した姿の「集中」とは別物で存在したスキルです。
明鏡止水の頃は、その他攻撃力UP効果と併用できるスキルでした。
現在のソウルアローも攻撃力UPアイテムなどと併用可能です。
つまり改変の中で、ソウルアローに集中の効果を複合するときにソウルアローの効果を対応させなかったため
攻撃力0の矢を消費せず打つ＋攻撃力UP　の効果となっており
今まで、別々にかけれていたため、攻撃力UP効果＋矢の攻撃力が同時に受けれていたにも関わらず
改変により受けられなくなってしまったということです。